“Neftçi” Çempionlar Liqasında 1997/1998 mövsümündə debüt edib. 1997-ci il iyulun 23-də evdə Polşanın “Vidzev” klubuna 0:2 hesabı ilə məğlub olan “ağ-qaralar” ayın 30-da səfərdə qapısından 8 cavabsız top buraxıb.

Qitənin ən mötəbər klub turnirindəki ikinci cəhd flaqman üçün uğurlu alınıb. “Neftçi” 2004/2005 mövsümündəki ilk təsnifat mərhələsində Bosniya və Hersoqovinanın “Şiroki Briyeq” klubunu səfər qolu sayəsində olsa belə, keçməyi bacarıb – 1:2, 1:0. İkinci təsnifat mərhələsində Rusiya ÇSKA-sı ilə başa-baş mübarizə aparan baş məşqçi Kazbek Tuayevin yetirmələri səfərdə buraxdığı qollara görə (0:0, 0:2) UEFA Kubokunun gələcək qalibinə uduzub.

“Neftçi” 2005/2006 mövsümündə də Azərbaycanı Çempionlar Liqasında təmsil edib. İlk mərhələ səddi bu dəfə baş məşqçi Ağasəlim Mircavadovun rəhbərliyi altında aşılıb. İslandiyanın “Hafnarfyordur” klubuna hər iki matçda qalib gələn (2:0, 2:1) flaqman Belçika nəhəngi “Anderlext”lə səfərdəki ilk görüşdə 0:5 hesabı ilə məğlub olub. 2005-ci il avqustun 3-dəki cavab matçında qazanılan 1:0 hesablı qələbə təsəlli xarakteri daşımaqla yanaşı, reytinq cədvəlinə xal əlavə etmək baxımından da faydalı olub.

Çempionlar Liqasına bir də 2011/2012 mövsümündə qatılan “Neftçi”nin bu dəfəki çıxışı uğursuz alınıb. Turnirə birbaşa ikinci təsnifat mərhələsindən qoşulan “ağ-qaralar” Xorvatiyanın “Dinamo” (Zaqreb) klubuna uduzub – 0:3, 0:0.

“Neftçi” avrokuboklarda ən böyük uğuruna imza atdığı 2012/2013 mövsümünə Çempionlar Liqasında başlayıb. Bu dəfə də turnirə ikinci təsnifat mərhələsindən qatılan baş məşqçi Böyükağa Hacıyevin yetirmələri Gürcüstanın “Zestafoni” klubunu məğlub edib – 3:0, 2:2. Üçüncü təsnifat mərhələsində İsrailin “Hapoel” (Kryat Şmona) klubuna uduzan (0:4, 2:2) komandamız bununla da mübarizəni Avropa Liqasında davam etdirməli olub və tarixində ilk dəfə qrup mərhələsinə vəsiqə qazanıb.

“Ağ-qaralar” növbəti dəfə Çempionlar Liqasında 2013/2014 mövsümündə mübarizə aparıb. 2013-cü il iyulun 17-də Bakıda “Skenderbeu”nun qapsına yol tapa bilməyən (0:0) “ağ-qaralar”, səfərdə 0:1 hesabı ilə məğlub olmaqla mübarizəni dayandırıb.

Nəhayət 8 ildən sonra – 2021/2022 mövsümündə “Neftçi” yenidən Avropanın ən böyük klub turnirində iştirak etmək hüququ qazanıb. İlk mərhələdə Gürcüstanın “Dinamo” (Tbilisi) klubunu hər iki oyunda 2:1 hesabı ilə məğlub edən flaqman Yunanıstan nəhəngi “Olimpiakos”a rəqib olub. Komandamız Pirey təmsiliçinə inamlı təsir bağışladığı hər iki matçda minimal hesabla uduzaraq, mübarizəni Avropa Liqasında davam etdirib.

Ümumilikdə isə “Neftçi” Çempionlar Liqasında 22 oyun keçirib. Bunlardan 7-də qələbə qazanan komandamız 10 dəfə məğlub olub. 5 görüşdə heç-heçə qeydə alınıb. Top fərqi 18-36-dır.