“Neftçi” avrokuboklarda ilk qələbəsini əvvəllər UEFA Kuboku adlandırılan Avropa Liqasındakı debüt matçında qazanıb. 1996-cı il iyulun 17-də Bolqarıstanın “Lokomotiv” (Sofiya) klubu ilə Respublika stadionunda keçirilən oyunda komandamız 2:1 hesabı ilə qalib gəlib. Lakin cavab matçında qapısından 6 cavabsız top buraxan “ağ-qaralar” mübarizəni dayandırıb.

Növbəti dəfə UEFA Kubokuna 1999/2000 mövsümündə qatılan “Neftçi” “Srvena Zvezda”ya hər iki oyunda uduzub – 2:3, 0:1. Sonra ardıcıl iki mövsüm – 2000/2001 və 2001/2002-də Sloveniya “Hit Qoritsa”sını keçmək mümkün olmayıb – 1:0, 1:3 və 0:0, 0:1. 2007/2008 mövsümündə isə Avstriya “Rid”i mərhələ adlamağa imkan verməyib – 1:3, 2:1.

“Neftçi” avrokuboklar tarixində ən böyük uğuruna 2012/2013 mövsümündə imza atıb. Mövsümə Çempionlar Liqasında başlayan komandamız üçüncü təsnifat mərhələsində məğlub olduğu üçün mübarizəni Avropa Liqasında davam etdirib. “Pley-off”da Kiprin APOEL klubu ilə Bakıda baş tutan ilk oyunda heç-heçə (1:1) qeydə alınsa da, cavab matçında qalib gələn (3:1) flaqman Azərbaycan futbolu tarixində ilk dəfə qrup mərhələsinə vəsiqə qazanıb. Bu mərhələdə İtaliyanın “İnter”, Rusiyanın “Rubin” və Serbiyanın “Partizan” klublarına rəqib olan “ağ-qaralar” Milan nəhəngi ilə səfərdə (2:2), Belqrad komandası ilə isə hər iki matçda (0:0, 1:1) heç-heçə edərək 3 xal toplayıb.

“Neftçi” 2014/2015 mövsümündə də qrup mərhələsinə vəsiqə qazana bilərdi. Yarışa ikinci təsnifat mərhələsindən qatılan flaqman Sloveniyanın “Koper” (1:2, 2:0) və Gürcüstanın “Çixura” (0:0, 3:2) klublarını məğlub etsə də, “pley-off”da “Partizan” (Serbiya) səddini aşmaq mümkün olmayıb (2:3, 1:2).

2015/2016 mövsümünün ilk mərhələsində Monteneqronun “Mladost” klubunu səfər qolu hesabına (2:2, 1:1) keçə bilməyən “Neftçi” növbəti mövsüm Avropa Liqası ilə ikinci mərhələdə vidalaşıb. Komandamız iki oyunun nəticəsinə görə Malta “Balzan”ını məğlub etsə də (2:0, 1:2), Şimali Makedoniya “Şkendiya”sı keçilməz olub – 0:0, 0:1.

2018/2019 mövsümündə Macarıstanın “Uypeşt” klubu ilə ilk oyunda (3:1) inamlı təsir bağışlayan “Neftçi” cavab matçında böyük hesabla (0:4) uduzaraq mübarizəni dayandırıb.

2019/2020 mövsümünü isə “Neftçi” üçün uğurlu hesab etmək olar. Birinci təsnifat mərhələsində Moldovanın “Sperantsa” klubunun qapısından 9 cavabsız top keçirən (3:0, 6:0) flaqman Rusiya “Arsenal”ını da mübarizədən kənarlaşdırmağı bacarıb. 2019-cu il iyulun 25-də Tulada 1:0 hesabı ilə qalib gələn “ağ-qaralar” bundan bir həftə sonra “Bakcell Arena”da baş tutan cavab matçında böyük hesabla qələbə qazanıb – 3:0. Lakin üçüncü təsnifat mərhələsində İsrailin “Bney Yehuda” klubunu məğlub edə bilmədiyi (2:2, 1:2) üçün “pley-off”a adlamayıb.

Avropa Liqasında 2020/2021 mövsümünün qrupa qədərki mərhələləri bütün dünyada yayılan COVİD-19 pandemiyası səbəbindən bir oyundan ibarət olub. Püşkün nəticəsinə görə “Neftçi” birinci təsnifat mərhələsindəki rəqibi “Şkupi” ilə evdə qarşılaşıb və “Bakcell Arena”da 2:1 hesabı ilə qalib gəlib. Püşk ikinci mərhələdə komandamızı Türkiyənin “Qalatasaray” klubu ilə üz-üzə gətirib. Yenə evdə – bu dəfə Bakı Olimpiya Stadionunda meydana çıxan “ağ-qaralar” qardaş ölkənin nəhəng klubuna uduzaraq (1:3) mübarizəni dayandırıb.

Çempionlar Liqası ilə vidalaşandan sonra 2021/2022 mövsümünü Avropa Liqasında davam etdirən “Neftçi” üçüncü təsnifat mərhələsində Finlandiyanın HİK klubu ilə qarşılaşıb. “Bakcell Arena”da 2:2 hesablı heç-heçədən sonra 0:3 hesablı səfər məğlubiyyəti komandamızı Konfrans Liqasına “yollayıb”.

Ümumilikdə isə “Neftçi” Avropa Liqasında 42 oyun keçirib. Bunlardan 13-də qələbə qazanan komandamız 18 dəfə məğlub olub. 11 görüşdə heç-heçə qeydə alınıb. Top fərqi 56-62-dir.