“Neftçi” Avrokuboklarda 1995/1996 mövsümündə debüt edib. “Ağ-qaralar” 1995-ci il avqustun 10-da Kiprin APOEL klubu ilə Kuboklar Kuboku çərçivəsində səfərdə keçirilən ilk oyunda 0:3 hesabı ilə məğlub olublar. Avqustun 24-də keçirilən cavab matçında isə hesab açılmayıb – 0:0.

Flaqman avrokuboklarda ilk qələbəsini növbəti mövsümdə qazanıb. 1996-cı il iyulun 17-də Bolqarıstanın “Lokomotiv” klubu ilə UEFA Kuboku çərçivəsində Bakıda baş tutan oyunda komandamız 2:1 hesabı ilə qalib gəlib.

“Neftçi” avrokuboklarda ilk dəfə ikinci mərhələyə 2004/2005 mövsümündə yüksəlib. 2004-cü il iyulun 13-də Çempionlar Liqası çərçivəsində səfərdə Bosniya və Hersoqovinanın “Şiroki Briyeq” klubuna 1:2 hesabı ilə məğlub olan komandamız ayın 21-də keçirilən cavab matçında 1:0 hesabı ilə qalib gələrək mərhələ adlayıb.

“Ağ-qaralar” ilk dəfə ikinci mərhələ səddini 2008-ci ildə aşıb. “Neftçi” həmin il İntertoto Kubokunda Slovakiyanın “Nitra” (2:0, 1:3) və Belçikanın “Jerminal” (1:1, 1:0) klublarını geridə qoymaqla finalçı olmağı bacarıb.

Flaqman avrokuboklarda ən böyük uğuruna 2012/2013 mövsümündə nail olub. Komandamız həmin mövsüm Azərbaycan futbolu tarixində ilk dəfə Avropa Liqasının qrup mərhələsinə vəsiqə qazanıb. 2012-ci il avqustun 23-də Avroliqanın pley-off mərhələsi çərçivəsində Bakıda Kiprin APOEL klubu ilə heç-heçə (1:1) edən “ağ-qaralar” ayın 31-də səfərdə 3:1 hesabı ilə qalib gələrək tarixi ilkə imza atıb. “Neftçi” qrup mərhələsində İtaliyanın “İnter” (1:3, 2:2), Serbiyanın “Partizan” (0:0, 1:1) və Rusiyanın “Rubin” (0:1, 0:1) klubları ilə qarşılaşıb.

Ümumilikdə isə “Neftçi” Avrokuboklarda 78 oyun keçirib. Bunlardan 26-də qələbə qazanan komandamız 36 dəfə məğlub olub. 20 görüşdə heç-heçə qeydə alınıb. Top fərqi 95-127-dir.